De la préhistoire aux temps modernes, l’histoire d’Agde est dévoilée grâce aux habitats lacustres et à leurs objets de la vie quotidienne, aux vestiges d’épaves et aux cargaisons de navires engloutis dans les eaux de la mer, du fleuve ou des étangs. Ce patrimoine exceptionnel témoigne de l’importance du trafic maritime du port d’Agathé Tyché, carrefour entre l’Espagne et l’Italie.
Toutes les collections présentées au Musée de l’Ephèbe proviennent des recherches sous-marines de la région agathoise. Depuis les années 60, les groupes amateurs de plongée archéologique, puis les chercheurs du D.R.A.S.S.M. ont pu découvrir et étudier de nombreux sites provenant du fleuve Hérault, de la mer et des étangs constituant ainsi un très riche patrimoine archéologique sous-marin.
Le parcours muséographique divisé en 4 départements permet, tel un archéologue, de remonter le temps jusqu’aux origines protohistoriques et à la fondation d’Agde.